Omicron sa zjavne nevyvinul z jedného zo skorších variantov koncernu, akými boli Alpha alebo Delta. Namiesto toho vznikal paralelne a v tme. Omicron je taký odlišný od miliónov genómov Covid-19, ktoré boli verejne zdieľané, že je ťažké určiť jeho najbližšieho príbuzného, hovorí Emma Hodcroft, virologička z univerzity v Berne. Pravdepodobne sa čoskoro líšil od iných kmeňov, hovorí.
Omicron Covid-19
“Povedal by som, že sa to vráti do polovice roku 2020.”
To vyvoláva otázku, kde sa predchodcovia Omicronu ukrývali viac ako rok. Vedci vidia v podstate tri možné vysvetlenia: Vírus mohol cirkulovať a vyvíjať sa v populácii s malým dohľadom a sekvenovaním. Mohlo otehotnieť u chronicky infikovanej pacientky COVID-19. Alebo sa mohol vyvinúť v neľudskom druhu, z ktorého sa nedávno rozlial späť medzi ľudí.
Christian Drosten, virológ z Univerzitnej nemocnice Charité v Berlíne, uprednostňuje prvú možnosť. „Predpokladám, že sa to nevyvinulo v Južnej Afrike, kde prebieha veľa sekvencovania, ale niekde inde v južnej Afrike počas zimnej vlny,“ hovorí. “Dlho prebiehalo veľa infekcií a na to, aby tento druh vírusu vznikol, skutočne potrebujete obrovský evolučný tlak.”
Andrew Rambaut z University of Edinburgh však nevidí, ako mohol vírus zostať skrytý v skupine ľudí tak dlho. „Nie som si istý, či je naozaj niekde na svete dostatočne izolovaný, aby sa tento druh vírusu prenášal tak dlho bez toho, aby sa objavil na rôznych miestach,“ hovorí.
„Myslím si, že dôkazy, ktoré to podporujú, sú čoraz silnejšie,“ hovorí Richard Lessells, výskumník infekčných chorôb z University of Kwa-Zulu-Natal. V jednom prípade Lessells a jeho kolegovia opísali v predtlači mladá žena v Južnej Afrike s nekontrolovanou infekciou HIV, ktorá mala SARS-CoV-2 viac ako 6 mesiacov. Vírus nahromadil veľa rovnakých zmien ako vo variantoch obáv, čo je vzor pozorovaný aj u iného pacienta, u ktorého infekcia SARS-Cov-2 pretrvávala ešte dlhšie.
Aby sme predišli jednému možnému zdroju budúcich variantov, Lessells hovorí: „Čo musíme urobiť, je vyplniť medzery v kaskáde liečby HIV. Potrebujeme teda každého diagnostikovať, každého musíme dostať na liečbu a tých, ktorí sú momentálne na neúčinnej liečbe, musíme dostať do účinných liečebných režimov.“
Ale Drosten hovorí, že skúsenosti s chronickými infekciami chrípky a iných vírusov u imunosuprimovaných pacientov sú proti tejto hypotéze pre Omicron. Varianty, ktoré sa vyhýbajú imunitnému systému, sa u takýchto ľudí vyvinú, ale prichádzajú s množstvom ďalších zmien, ktoré spôsobujú, že sú menej schopní prenosu z človeka na človeka.
“Tieto vírusy majú v reálnom svete veľmi nízku zdatnosť.”
Je to preto, že mutácie umožňujúce vírusu prežiť u jedného jedinca v priebehu času sa môžu veľmi líšiť od tých, ktoré sú potrebné na čo najlepšie šírenie z jednej osoby na druhú.
Asi to musíme spáliť ako tento zaujímavý príbeh z Tibetu o reinkarnácii: Wangchuk initiations, burst into flame
Niektorí si myslia, že vírus sa mohol skrývať v hlodavcoch alebo iných zvieratách, a nie v ľuďoch, a preto zažili rôzne evolučné tlaky, ktoré selektovali nové mutácie. “Genóm je taký zvláštny,” hovorí Kristian Andersen a poukazuje na jeho zmes mutácií, z ktorých mnohé neboli predtým pozorované v iných variantoch.
„Je to zaujímavé, aké je to šialene odlišné,“ hovorí evolučný biológ Mike Worobey z University of Arizona. Hoci uprednostňuje človeka s oslabenou imunitou ako zdroj Omikronu, Worobey poznamenáva, že podľa nedávnej predtlače 80 percent jeleňov bielochvostých odobratých v Iowe medzi koncom novembra 2020 a začiatkom januára 2021 malo SARS-CoV-2.
“Prinúti ma to zaujímať sa, či sa iné druhy môžu chronicky infikovať, čo by v priebehu času potenciálne poskytovalo tento druh selektívneho tlaku.”
